内視鏡検査には上部消化管内視鏡、大腸内視鏡、小腸バルーン内視鏡、カプセル内視鏡があり、それぞれ疾患や病変の部位により使用するものが異なります。
【上部消化管内視鏡検査】　口あるいは鼻からカメラを挿入し、食道・胃・十二指腸を観察します。食道から十二指腸までの上部消化管に病変があるクローン病患者さんでおこないます。
【大腸内視鏡検査】　お尻からカメラを挿入し、大腸全体を観察します。潰瘍性大腸炎、大腸に病変があるクローン病の患者さんでおこないます。
【小腸バルーン内視鏡検査】　お尻あるいは口からカメラを挿入し、風船のようなもの（バルーン）で広げながら小腸まで観察します。主に小腸に病変があるクローン病の患者さんでおこないます。
【カプセル内視鏡検査】　口からカプセル型のカメラをのみこみ、半日かけて小腸や大腸を観察します。主にクローン病患者さんでおこないます。